Im 17. und 18. Jahrhundert schlossen sich Richtung Norden an die Sommerprälatur (am heutigen Exerzierplatz über dem Portal) zwei große Klostergärten an. Im westlichen Teil des Exerzierplatzes, lag der ausgedehnte Prälatengarten, der dem Stiftspropst ganz allein zur Verfügung stand. Anschließend, den ganzen übrigen Teil des Exerzierplatzes einnehmend, breitete sich der große Herrengarten aus, der für die Kanoniker bestimmt war. Die Gärten, die mit den anderen Kleingärten des Klosterbereichs eine Gesamtfläche von 9,5 Tagwerken ausmachten, zäunten hohe Umfassungsmauern ein; sie waren nach französischer Art angelegt und stellten ein beachtliches Zeugnis für die hohe gärtnerische Kultur dar, die im Rokokozeitalter auch in Passau heimisch war. Kurze Zeit nach der Säkularisierung um 1816 wurde aus den herrlichen Anlagen durch die Franzosen ein Exerzierplatz gemacht, so wie er bis heute besteht. Was in den nächsten Jahren mit dem Platz geschieht, hängt von der Ausführung der Pläne der Stadt Passau ab, die einen Teil des Exerzierplatzes wieder als Grünfläche vorsieht.
Zu den Kleingärten zählte auch der schöne Kapitelgarten mit einem Springbrunnen in der Mitte im Innenhof des heutigen Klosterbereiches. Dieser wurde erst im Jahre 1997 durch die Aufstellung eines für Dachsanierungsarbeiten erforderlichen Hochkrans zerstört. Deshalb mußte er neu angelegt werden, wobei man sich für eine gotische Anlage mit diagonal verlaufenden Wegen entschied. So sind in den Klöstern alle Kreuzgänge gebaut, weil ein solches Flächenverhältnis dem Auge am gefälligsten ist. Im Rahmen des Kreuzganges und im Schnittpunkt diagonaler Kieswege, das heißt im Kreuz, in der Kreuzung steht wie zuvor ein Brunnen. Der Garten ist heute wieder reich bewachsen und bietet dem Besucher eine Oase der Ruhe und Schönheit.
